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研究基盤総合センターは、基盤的な共同利用科学研究設備を適切に管理・運用することにより、本学の研究・教育支援体制の整備を行うとともに、学際研究の発展及び先端的研究の創成に寄与することを目的として、従来の５施設を統合し2004年4月1日に設立されました。(2006年4月1日に改組４施設に) 　研究基盤総合センターには応用加速器部門、低温部門、分析部門、工作部門の４施設があり、それぞれ静電加速器、低温発生機器、各種分析機器並びに各種工作機械等を管理・運用するとともに研究・教育支援の高度化のための機器開発および複合領域の研究が行われています。 センター長 : 新井 達郎
応用加速器部門 部門長:喜多 英治	低温部門 部門長:大塚 洋一	分析部門 部門長:木越 英夫	工作部門 部門長:河井 昌道

旧アイソトープ部門は、平成18年4月1日に「アイソトープ総合センター」として改組されました。